İshak Paşa sarayının yapımında; düzgün kesme taş, moloz taşla birlikte kullanılmıştır. Sarayın kesme taşla yapılmış olması, aynı teknikle yapılan Bakü Şirvanşahlar sarayının İshak Paşa Sarayına etkisi olarak düşünülüyor. Anadolu’da Artuklu sarayları dışında kesme taş malzemeli saray yapısı pek yok.   

O dönemde malzemeyi bir yerden bir yere taşımanın maliyeti yüksekti. İnsanlar yakınlarında bulunan taşlarla yetinmek durumundaydı. Bu coğrafyada bunun adı, sarı kalker taşıydı.

Bir yerden bir yere gitmek bugünkü kadar kolay olmadığı için, değişik inşa teknikleri ve dekorasyon bilgisinin yayılımı güçtü. Buna rağmen İshak Paşa Sarayı, kendi zamanı içinde bir mimari yolculuğa çıkmış gibiydi. Birbirinden farklı yerlerde beslenip büyüyen üslupları bünyesinde toplamıştı.

Uzaktan getirilmesindeki zahmete katlanılan mermer dışında, taşın inşa alanına en yakın ocaktan getirilmesi tercih edilirdi. Mısırlılar, piramitleri yaparken, taş blokları ocaktan keserek değil, altına açtıkları kanallara büyük levyeleri kaldıraç gibi hareket ettirerek alıyorlardı. Bir başka teknik, bloğun kenarında açılan yuvalara çakılan ahşap kamaların ıslatılarak şişirilmesi ve yine levyelerle kopartılmasıydı.

Taş, ilk şeklini ocakta alırdı. Bu, taşınacak yükün ağırlığını azaltmak için de önemliydi; taşın sağlam olup olmadığının sınanmak için de. Bir taş çatlayacaksa, gittiği yerde değil ocakta işlenirken çatlamalıydı.

Mardin taşı gibi, buradaki sarı kalker taşı gibi kalsit içeren doğal kireç taşları, çıkarıldıklarında işlenmeye uygun yumuşaklıkta olurlar. Ancak ustalar işlerini kısa sürede bitirmek üzere, gölgede çalışmak zorundadır; çünkü bu taşlar güneşe çıktığında nemlerini kaybederek sertleşmeye ve dayanıklı hale gelmeye başlar. Renklerinin sarıya dönmesi de güneşe çıkmalarından sonra olur. İşte İshak Paşa sarayının bu harikulade bezemelerini taşıyan taşlar da önce ocakta işlenmiş olmalıydı. Bazı kaynaklara göre Ağrı Ağadeve; bazı kaynaklara göre saraya 30 km. uzaklıktaki Kortis köyü ocaklarında.

Sarayın inşaat bloğunun temeli için, Ağrı Dağ’ının eteklerinde bol ve kolay bulunabilen, oldukça sert bir malzeme olan siyah, volkanik taş kullanılmış. Yapının su basmanı kısımlarında, sarayın yakınlarından çıkarılmış olduğu düşünülen kırmızımtırak kalker taşı  görülür. Yontulmaya elverişli olmaması nedeniyle bu taş yapıda fazla kullanılmamış.

Ayrıca yapıda caminin kubbesinde ve minarenin dekoratif kaplamasında kullanılan kırmızımsı bir taş türü daha vardır. Gözenekleri bakımından Küfeki taşından daha iri olan bu taş, renginden ve sağlamlığından dolayı bölgede en çok kullanılan inşaat malzemesidir.  

Yapıda görülen diğer bir taş çeşidi de, yakın çevreden çıkarılan beyaz kireç taşıdır.  Bu taş salonda yer kaplaması olarak kullanılmış, ayrıca salonun duvarlarında belirli bir yüksekliğe kadar siyah bazalt taşıyla birlikte siyah-beyaz ilişkisi kurularak dekoratif amaçla kullanılmıştır.

Bir Hitit yapısının yazıtında “Bu yapının sonsuza kadar kalması sağlansın” yazar. Hititlerde taş ustaları o kadar yetkin kabul ediliyordu ki III.Hattuşili döneminde Mısırlı doktorlarla değişim yapılıyordu.